Els vaixells també emeten gasos d'efecte hivernacle a l'atmosfera a causa de la crema de combustibles fòssils per al funcionament de l'motor. El port de Barcelona pretén millorar i promoure els vaixells més nets i respectuosos amb el medi ambient. Per a això ha presenteu la seva Pla de Millora de Qualitat de l'Airei en el qual com a objectiu principal té de el de reduir les emissions contaminants durant la seva activitat.
Aquesta iniciativa proposa promoure el gas natural liquat com un tipus de combustible alternatiu dels vehicles i vaixells de transport de mercaderies. Es tracta d'realitza una política de bonificacions per als vaixells que es siguin més nets.
Els objectius d'aquest pla estan previstos per al 2020 en què s'hagi pogut fer tota la renovació de la flota interna de l'port amb vehicles elèctrics i una construcció d'una xarxa de connexió elèctrica a les zones d'aparcaments i espais públics del port.
Aquest pla insta l'Organització Marítima Internacional (OMI) al fet que reguli de forma més ambiciosa les emissions de gasos dels vaixells. El president del Port de Barcelona, Sixte Cambra, ha afegit:
"La iniciativa que proposem integra i sistematitza un seguit d'accions que ens permetran reduir de forma efectiva la nostra contribució a la contaminació de la ciutat de Barcelona "
A Espanya hi ha problemes a l'hora de tenir un marge d'actuació en matèria de bonificacions a Espanya ja que el Govern no ofereix subvencions per invertir en materials renovables. Sixte ha afirmat que sol·licitarà a el Govern Espanyol que es modifiqui la Llei de Ports per poder incrementar de el 5% a l'40% la taxa de descompte actual. Amb aquesta mesura es podran atreure més creuers i vaixells de càrregues amb menys emissions de gasos d'efecte hivernacle i per tant, millorar la qualitat de l'aire de Barcelona.